« C’est notamment par sérendipité que naissent les grandes découvertes, notre ambition principale est de faire progresser la connaissance. Faire de la recherche de fond prend du temps mais c’est un principe fondateur et un pilier de la science auquel nous portons une grande attention »
Sylvie Nazaret, directrice de l’UMR (1), Florence Wisniewski-Dyé (2) et Xavier Le Roux (3), respectivement directrice et directeur adjoint de l’UMR Ecologie Microbienne.
L’unité mixte de recherche « Laboratoire d’Ecologie Microbienne » (UMR LEM) dont la création remonte aux années 1970, regroupe aujourd’hui des chercheurs du CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), de l’Université Claude Bernard Lyon 1, de INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et de VetAgro Sup.
L’écologie microbienne consiste à étudier la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux et avec leur milieu : plantes, insectes… et parfois l’Homme. L’écologie microbienne est donc un véritable domaine interdisciplinaire, au carrefour des domaines de l’écologie (étude des interactions des êtres vivants entre eux et avec leur milieu), de la microbiologie (étude physiologique, génétique, taxonomique ou biochimique des microorganismes : bactéries, champignons, protozoaires ou virus) et des sciences de l’environnement
L’UMR Ecologie Microbienne est pilotée par une équipe de trois chercheurs : Sylvie Nazaret (CNRS), Florence Wisniewski-Dyé (Université Lyon 1) et Xavier Le Roux (INRAE). Ce fonctionnement collaboratif est le fruit d’une vision partagée par ces deux femmes et cet homme de science qui souhaitent remettre l’humain et le collectif au centre de leur activité en favorisant les complémentarités et les interactions entre les personnes et les différentes thématiques de travail de l’unité.
« Nos parcours et nos compétences complémentaires sont un atout pour l’unité car ils nous permettent de renforcer les interactions entre tutelles et de proposer un fonctionnement transversal et collaboratif. L’idée n’était pas simplement de « prendre la tête » d’une unité mais de co-construire une vision commune en plaçant la recherche fondamentale au cœur de nos activités » Sylvie Nazaret, directrice de l’UMR
Les recherches de l’UMR Ecologie Microbienne visent ainsi à étudier :
- La physiologie des microorganismes et l’influence de leurs activités sur les autres organismes et sur l’environnement en général
- L’impact des facteurs biotiques et abiotiques du milieu sur ces microorganismes, de l’échelle individuelle aux communautés présentes dans un écosystème
- Le rôle de la diversité microbienne pour le fonctionnement et les services écosystémiques
Les recherches du LEM abordent des sujets en phase avec les problématiques des tutelles de l’unité sur des thématiques variées telles que la problématique de l’antibiorésistance, la qualité des sols et de l’eau ou les invasions biologiques. L’unité étudie, par exemple, les fonctionnements et les avantages qu’apportent les communautés microbiennes en agriculture et quelles sont les conséquences des pratiques humaines ou encore les interactions des agents pathogènes chez l’animal en dehors de leur hôte, leur circulation, leur fonctionnement et leur utilité écologique.
« Au niveau de VetAgro Sup, l’approche One Health ou « Une seule santé » portée par l’établissement fait écho à de nombreuses thématiques abordées par l’unité. Plusieurs équipes travaillent d’ailleurs actuellement en lien avec les chercheurs de VetAgro Sup sur des questions de maitrise des risques sanitaires » Sylvie Nazaret, directrice de l’UMR.
L’UMR Ecologie Microbienne est composée d’environ 130 personnels (chercheurs, enseignants-chercheurs, techniciens, ingénieurs…), permanents et non permanents, structurés en 8 équipes de recherche :
- Symbiose Actinorhizienne
- Interactions Microeucaryotes-Bactéries-Archées
- Rhizosphère
- Diversité et adaptation des bactéries phytopathogènes
- Diversité fonctionnelle microbienne et Cycle de l’Azote
- Bactéries Pathogènes Opportunistes et Environnement
- Dynamique Microbienne et Transmission Virale
- Multi-résistance Environnementale et Efflux Bactérien
(1) Après l’obtention d’un baccalauréat scientifique, Sylvie Nazaret intègre l’Université Claude Bernard Lyon 1 et étudie la variabilité génétique de la bactérie Frankia symbiote du filao dans le cadre du DEA « Ecologie Microbienne » puis d’un doctorat en Sciences, spécialité Microbiologie. Elle part ensuite 18 mois aux Etats-Unis en tant que chercheur postdoctoral à l’Agence de Protection de l’Environnement où elle s’intéresse à la pollution métallique des écosystèmes aquatiques et au rôle des bactéries dans le cycle biogéochimique du mercure avant d’intégrer le CNRS en 1992. Depuis, ses activités ont été centrées sur l’influence des activités humaines sur la dissémination des contaminants métalliques et biologiques (bactéries pathogènes de l’homme, gènes d’antibiorésistance) sur les écosystèmes terrestres et la compréhension des mécanismes adaptatifs des communautés microbiennes à ces contaminants.
(2) Après l’obtention d’un baccalauréat scientifique, Florence Wisniewski-Dyé intègre une école d’ingénieur pour un premier cycle de 3 ans avant de bifurquer vers l’Université d’Orléans et de réaliser un DEA en biochimie et biologie cellulaire. Elle travaille dès son master sur les interactions bactéries-plante et réalise sa thèse sur le dialogue moléculaire entre une bactérie pathogène et les plantes. Elle part ensuite à Norwich en Grande-Bretagne en tant que chercheur postdoctoral pendant 30 mois où elle continue d’étudier les interactions bactéries-plante dans un contexte symbiotique avant d’être recrutée maître de conférences et d’intégrer le laboratoire d’écologie microbienne de Lyon en 1999.
(3) Xavier Le Roux, docteur en Écologie des écosystèmes (Université Paris 6), a initialement étudié l’écologie et le fonctionnement des savanes tropicales et des agro-écosystèmes. Il est chercheur INRAE dans l’unité d’écologie microbienne de Lyon où il étudie la réponse des communautés microbiennes aux facteurs du changement global et les relations entre biodiversité microbienne et fonctionnement/services écosystémiques. Membre de l’académie européenne, Xavier Le Roux est le président du réseau européen BiodivERsA et le directeur de la fédération de recherche BioEEnViS, et il a été directeur de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB).
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