VetAgro Sup, Institut d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement, est un des 20 établissements de l'enseignement supérieur sous tutelle du Ministère chargé de l'Agriculture (http://agriculture.gouv.fr/IMG/pdf/depliantSup.pdf).

VetAgro Sup est dirigé par un Directeur Général, nommé pour 5 ans après avis du Conseil d'Administration. Il est assisté dans son action par deux Directeurs Généraux Adjoints (campus vétérinaire et campus agronomique), un Directeur de l’École Nationale des Services Vétérinaires, un Directeur Scientifique et deux Directeurs de l'Enseignement et de la Vie étudiante. Son équipe est complétée par un secrétaire général et par des adjoints au Directeur.

L'Institut est administré par un Conseil d'Administration assisté du Conseil de l'Enseignement et de la Vie Étudiante et d'un Conseil Scientifique.
D'autres conseils statutaires ou consultatifs ont été créés afin de renforcer le management de l'Établissement.

Le Conseil d'Administration (CA) est composé de 32 membres appartenant à 3 groupes distincts. Un premier groupe est constitué d'élus qui représentent les enseignants-chercheurs, les personnels administratifs et techniques et les étudiants. Un second groupe rassemble les représentants de l'État et des collectivités territoriales. Le dernier groupe est constitué de personnalités nommées issus des partenaires professionnels, scientifiques et industriels de l'Établissement. Il définit la politique générale de l'établissement, vote son budget et prend toutes les décisions importantes en matière de gestion.

Le Conseil de l'Enseignement et de la Vie Étudiante est composé de représentants des étudiants, des enseignants ainsi que de membres extérieurs désignés par le CA. Il propose les orientations pédagogiques, se prononce sur les programmes et veille à la qualité de la vie universitaire.

Le Conseil Scientifique est composé de représentants élus des unités de recherche et de membres extérieurs appartenant au monde scientifique et industriel. Il est présidé par un membre extérieur à l'Établissement qui est élu. Il définit la politique de recherche de l'Établissement, participe à l'évaluation des projets des unités de recherche et se prononce sur les profils recherche des nouveaux recrutements. Il donne des avis concernant les attributions des moyens alloués aux unités de recherche.

Le Conseil des Enseignants est composé de 40 membres enseignants-chercheurs ou assimilés désignés par leurs pairs.

Les conseils consultatifs : chaque unité fonctionnelle, et plus particulièrement les plateaux techniques, disposent de conseils consultatifs qui rassemblent des membres de l'Établissement impliqués dans leur fonctionnement et des membres extérieurs. Ces conseils évaluent le mode de fonctionnement des unités et proposent aux Directeurs les améliorations ou évolutions nécessaires. L'Institut est structuré en unités fonctionnelles adaptées à ces différentes missions : unités pédagogiques et départements pour l'enseignement, unités de recherche et plateaux techniques.